增值税一般纳税人发生真实交易但由于客观原因造成增值税扣税凭证未能按照规定期限办理认证、确认或者稽核比对的，经主管税务机关核实、逐级上报，由省国税局认证并稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额。
2、不能开具增值税专用发票：纳税人提供人力资源外包服务，向委托方收取并代为发放的工资和代理缴纳的社会保险、住房公积金，不得开具增值税专用发票，可以开具普通发票；商业企业一般纳税人零售烟、酒、食品、服装、鞋帽（不包括劳保专用部分）、化妆品等消费品，不得开具增值税专用发票；应当办理一般纳税人资格登记而未办理的，按销售额依照增值税税率计算应纳税额，不得抵扣进项也不得开具增值税专用发票；纳税人销售旧货不得自行开具或者代开增值税专用发票。
3、不符合规定的增值税发票：发票备注栏填写项目不全的费用发票，是否存在应该填写发票备注栏但是未填写的发票，如：取得的运输费发票、装修费发票、施工费发票、房屋租金发票等等；发票章盖得不规范，是否存在盖章错误（盖得财务章或者是公章）、盖章模糊、或者未加盖发票专用章等；专票填写项目要齐全，字迹清楚，不得压线、错格。
4、虚开发票：发票与实际业务不吻合，取得商品跟你开具的发票不一样，涉嫌虚开发票，这样的费用发票不能报销；没有货物或接受应税劳务、应税服务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票；有货物购销，提供或接受应税劳务、应税服务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实的增值税专用发票。
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