根据《国家税务总局关于进一步加强普通发票管理工作的通知》（国税发[2008]80号）第八条第（二）项规定：“纳税人使用不符合规定发票特别是没有填开付款方全称的发票，不得允许纳税人用于税前扣除、抵扣税款、出口退税和财务报销。”因此，员工出差开具个人抬头的住宿费发票不可以在税前扣除。
与此同时，还要注意各地税务机关的特殊要求，比如：
广州国税规定，向消费者个人提供住宿服务不得开具增值税专用发票。但如果该个人属于出差，住宿后要求开具增值税专用发票给所属单位抵扣进项税额，在索取增值税专用发票时，须向销售方提供购买方公司名称、纳税人识别号、地址电话、开户行及账号的信息，不需要提供相关证件或其他证明材料。同时，开票方应在发票备注栏录入住宿个人的姓名和身份证号码信息。
江西国税在营改增问答中，也有类似的规定。
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