1.在做账单据方面：由于小规模纳税人原始票据不多，单据比较简单，因此在代账记账上比较简单，而一般纳税人销售总额比较高，票据多，记账复杂，一般纳税人涉及企业所得税的认证和抵扣增值税，操作过程比较复杂。很多关键环节务必跟消费者明确，因而，代理记账公司很多状况下能选择上门服务。
2.在税务申报次数上不同：小规模纳税人是按季报税的，一般纳税人则是按月税务申报的公布税申请办理次数明显不一样。
3.记账标准不同：一般纳税人的账务标准比小规模纳税人高，代理记账方面的区别也比较大。一般纳税人每个月全是有银行对账单、工资明细表和各式各样记帐单据等要设置明细结转成本，小规模纳税人不一样。
4.账务审核不同：
由于一般纳税人的企业所得税有进项票抵扣增值税最新项目，很多公司会去买假,发票回家了抵扣增值税，税局对这一情况核查十分苛刻，因此，一般纳税人的核查会比小规模纳税人税款核查更加苛刻，核查操作程序也会比较复杂。
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