股权变更会涉及到股权所有人的所得税，若是溢价转让或税务机关认定你公司有溢价而协议是平价转让或低价转让，税务机关有权核定转让方缴纳一定数额的所得税。若公司无溢价（资产没有增值），那么股权转让只是缴纳股权转让印花税，万分之五的税率，很低。变更后肯定谁股权谁做法人代表（法人永远是公司，法人代表一般是公司负责人或董事长）。
需要说明一点的就是变更的公司若有欠税或是税务机关认定的异常户，有可能会损及原法人代表名下的其他公司，但一般只是税务管理的问题，会有些麻烦，建议在变更前把税务事宜处理好。
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