所谓“鱼和熊掌不可兼得”，虽然在降低股东风险方面公司制组织有着得天独厚的优势——有限责任，但也有缺点，否则公司以外的组织形式也不会存在。其缺点主要表现在以下两个方面：
双重征税，税负成本高
公司制企业能够有效降低风险的同时，也带来一个巨大的问题，即双重征税。公司在盈利后须缴纳企业所得税，股东在取得分红时还需被征收个人所得税。因此，公司赚取的利润分给股东的时候，已经被征收了两道税，税负成本自然高于只需缴纳个人所得税的非公司制组织。
这就是为什么VC、PE等机构都采取非公司制组织形式的原因。想详细了解公司制双重征税的问题，可查看文章：创业公司究竟要交哪些税？
架构复杂，管理成本高
一般来说，公司制组织内部架构比非公司制组织更为复杂。为建立治理结构，公司需设立股东大会、董事会、监事会等。理论上，由于公司并不由股东直接管理，公司制企业的决策效率相对较低，特别是当公司股东较多且产生分歧时，公司甚至会因为长期无法作出有效决策而向法院申请解散。除此之外，公司的成立、日常管理、注销程序等都比非公司制组织复杂，创业者常常为了形式上的琐事四处奔波，浪费宝贵的时间和精力。我们常见的商铺，绝大多数采取个体工商户的形式，这种形式管理最为简单，能与单一的经营业务相匹配，大大降低了创业者的管理成本。
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