1、承担的责任范围不同
有限公司具有法人资格，可以独立承担民事责任，股东以其对公司的出资额为限承担有限责任；个人独资企业不具有法人资格，属于非法人组织，在个人独资企业不能清偿到期债务的情况下，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任，如果在申请企业设立登记时明确以其家庭共有财产作为个人出资的，应当依法以家庭共有财产对企业债务承担无限责任。
2、内部事务管理结构不同
有限公司一般设股东会、董事会和监事会和经理，依照法定职权和公司章程的约定管理公司事务。股东人数较少或者规模较小的有限公司可以只设执行董事和监事，而不设董事会和监事会；个人独资企业的出资人可以自行管理企业事务，也可以委托或者聘用其他人负责企业事务管理。
3、对设立者的要求不同
有限公司的股东最多为50个，最少为1人，可以是自然人也可以是法人；个人独资企业的投资人只能为一个自然人。
4、税收管理不同
有限责任公司必须缴纳企业所得税，对股东进行利润分配时还要缴纳个人所得税；而个人独资企业不征收企业所得税，比照个体工商户生产经营所得征收个人所得税。
通过以上比较可以看出，个人独资企业综合税负成本较低，法律、法规的强制要求较少，不必设立复杂的组织机构，组织架构简单、管理成本低，但是出资人需要对个人独资企业的债务承担无限连带责任，创业初期规模较小的时候，更适宜设立个人独资企业；有限公司设立程序和组织机构比较复杂，法律、法规的强制性规定较多，好处在于股东以出资额为限承担有限责任，适合计划发展扩大规模的创业者。
总得来说，创业初期规模较小的时候，更适宜设立个人独资企业，如果是期望做大做强的，有着长远的发展规划，设立有限公司比较合适。
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