厘清据实扣除部分
职工工资
1.扣除依据。根据《企业所得税法实施条例》第三十四条规定，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。
2.判定原则。根据《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函〔2009〕3号）规定，合理的工资、薪金可按5个原则进行确认。
3.扣除范围。根据国税函〔2009〕3号文件第二条规定，工资薪金总额，指企业按照本通知第一条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资、薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
福利性补贴
根据《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》（国家税务总局2015年第34号公告）规定，列入企业员工工资薪金制度、固定与工资薪金一起发放的福利性补贴，符合国税函〔2009〕3号文件第一条的，可作为企业发生的工资薪金支出，按规定在税前扣除。
已预提汇缴年度工资薪金
根据2015年第34号公告第二条规定，企业在年度汇算清缴结束前向员工实际支付的已预提汇缴年度工资薪金，准予在汇缴年度按规定扣除。
厘清加计扣除、限额扣除部分
安置残疾人就业加计扣除
1.扣除依据。根据《企业所得税法》第三十条，安置残疾人员及国家鼓励安置的其他就业人员所支付的工资，可以在计算应纳税所得额时加计扣除。
2.判定原则。根据《财政部、国家税务总局关于安置残疾人员就业有关企业所得税优惠政策问题的通知》（财税〔2009〕70号）第三条规定，判断企业享受安置残疾职工工资100%加计扣除的条件。
3.加计扣除范围。残疾人员范围，应适用《残疾人保障法》的有关规定。残疾人员加计扣除范围，应参照国税函〔2009〕3号文件第二条工资薪金总额范围。
职工福利费支出限额扣除
1.扣除依据。根据《企业所得税法实施条例》第四十条规定，企业发生的职工福利费支出，不超过工资、薪金总额14%的部分，准予扣除。
2.扣除范围。根据国税函〔2009〕3号文件第三条规定，《实施条例》第四十条规定的企业职工福利费，包括以下内容：
（1）尚未实行分离办社会职能的企业，其内设福利部门所发生的设备、设施和人员费用，包括职工食堂、职工浴室、理发室、医务所、托儿所、疗养院等集体福利部门的设备、设施及维修保养费用和福利部门工作人员的工资薪金、社会保险费、住房公积金、劳务费等。
（2）为职工卫生保健、生活、住房、交通等所发放的各项补贴和非货币性福利，包括企业向职工发放的因公外地就医费用、未实行医疗统筹企业职工医疗费用、职工供养直系亲属医疗补贴、供暖费补贴、职工防暑降温费、职工困难补贴、救济费、职工食堂经费补贴、职工交通补贴等。
（3）按照其他规定发生的其他职工福利费，包括丧葬补助费、抚恤费、安家费、探亲假路费等。
3.企业发生的职工福利费，应该单独设置账册，准确核算。
举个例子
2017年，A企业发放职工工资合计1200万元，交通补贴和住房补贴400万元，为高危工作岗位人员提供福利性津贴100万元，上述支出根据企业董事会制定的工资薪金制度按标准定期发放，且A企业依法代扣代缴了个人所得税，符合2015年34号公告第一条规定。企业内设福利部门发生费用100万元，企业为职工发放消暑补贴200万元。此外，企业安置一名残疾人员就业，支付年度工资为10万元，符合财税〔2009〕70号文件有关规定。
解析：交通补贴、住房补贴和为高危工作岗位人员提供福利性津贴，合计500万元，计入“福利性补贴”，同时作为工资薪金支出。企业内设福利部门费用100万元、职工消暑补贴200万元，合计300万元，计入“福利费”，不计入工资薪金总额。
企业在所得税汇算清缴中，可以计入工资总额的费用为1700万元（1200＋400＋100），职工福利费扣除限额238万元（1700×14%），职工福利费支出300万元（200＋100），应调增应纳所得税额62万元（300－238）。企业安置残疾人就业，在计算应纳税所得额时，可据实扣除10万元，再加计扣除10万元。在适用税率为25％的情况下，企业可享受2.5万元税收减免优惠。
厘清不同费用的税务处理
区分职工工资薪金与季节工、临时工等费用
职工工资薪金，存在雇佣与被雇佣关系，在单位有“职位”或“岗位”，还参加单位的考勤、服从单位的规章制度管理。“职工工资薪金”可以据实扣除，并作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
季节工、临时工等费用，根据《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第15号），要区分为工资薪金支出和职工福利费支出，对于属于工资薪金支出的，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
区分劳务费与劳务派遣
劳务费指的是劳务人员因临时发生的事项而临时被招用，企业没有设置该项固定工作岗位，双方不存在雇佣关系。劳务费可在税前扣除，但是不计入计算其他各项相关费用扣除的基数。
劳务派遣要分两种情况分别计算。直接支付给劳务派遣公司，按照协议（合同）约定直接支付给劳务派遣公司的费用，应作为劳务费支出，不在工资薪金中列支；直接支付给员工个人的费用，区分工资薪金和职工福利费，其中属于工资薪金支出的费用，准予计入企业工资薪金总额的基数，作为计算其他各项相关费用扣除的依据。
区分福利性补贴和福利费
福利性补贴需要满足三个条件：
1.列入企业员工工资薪金制度；
2.固定与工资薪金一起发放的福利性补贴；
3.符合国税函〔2009〕3号文件第一条规定。
福利费符合国税函〔2009〕3号文件第三条所列条件的，适用于全体干部职工的费用。
不得扣除的情形
根据《企业所得税法》第十条规定，取得与收入无关的其他支出不得在计算应纳税所得额时扣除。在实际工作中，企业可以参照《企业财务通则》第四十六条，企业不得承担属于个人的下列支出：
（一）娱乐、健身、旅游、招待、购物、馈赠等支出
（二）购买商业保险、证券、股权、收藏品等支出
（三）个人行为导致的罚款、赔偿等支出
（四）购买住房、支付物业费管理费等支出
上述费用，既不得在财务列支，也不得在企业所得税税前扣除。
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